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交大生信平台:服务新一代测序分析的科研模板来了 ( 2020 年 06 月 22 日 )

伴随着新一代测序技术的发展,科研用户对低成本测序的需求与日俱增。网络信息中心计算服务团队与用户深度合作,设计研发了校级生信平台,率先给出了生命科学领域的科研模板。

由交大网络信息中心设计研发的“校级生信平台”,于2020年6月开展试运行。该平台面向交大医学院附属瑞金医院课题组开展测试运行,目标是为新一代测序(NGS)提供分析计算服务,目前已完成全基因组测序(WGS)以及全外显子测序(WES)和肿瘤深度测序panel的多算法比对分析和注释,下一步将继续上线肿瘤配对测序和遗传病家系分析流程。近期,已为测试用户提供了20余个大规模生物样本分析,计算速度提升显著,结果可靠。

生信平台的成功上线试运行,为医工交叉合作树立了一个成功案例,为进一步提升校级计算平台的服务深度指明了方向。接下来我们将继续在其他附属医院、医学院等相关院系进行推广应用,普惠更多科研工作者。

生信平台简介

随着人们对低成本测序的需求与日俱增,推动了新一代测序的发展,依据生物信息学的方法,对海量的测序数据进行比对回帖、排序去重、变异注释等繁琐分析步骤,才能获得基因组上的变异信息,再结合遗传学、病理学以及其他组学等信息共同分析,最终才能转化为人们可理解的生物学数据,为疾病诊疗核科学研究提供参考和指导。

生信平台是面向以生物信息分析为基础的各研究领域,为研究人员提供可视化、易操作管理且分析高效的服务;平台建设符合医工交叉、学科融合的理念,降低复杂生信分析处理流程的使用门槛,提供便捷的生信分析途径,提高科研效率,填补研究团队在生信分析需求方面的空白。

平台培训

为了使科研人员快速熟练使用平台,6月18日,来自网络信息中心计算服务团队的生信平台研发核心成员王一超和李琛为瑞金医院赵维莅、王侃侃教授课题组的研究人员就平台的操作方式进行了培训。培训人员首先对平台的基础使用方式进行了详细的介绍,包含上传大规模数据、根据项目需求对数据分组、启动分析程序、获取样本分析结果等,然后解答了对方在试用过程中遇到的问题。通过此次培训,用户学习了快速上手使用,也对于平台提出了诸多改进建议,形成了良性互动。

感兴趣加入生信平台测试的课题组,欢迎发送邮件至 hpc [at] sjtu.edu.cn咨询沟通。