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上海交大 π 超算助力生命科学赵立平团队 Science 发文 ( 2018 年 03 月 09 日 )

2018 年 3 月 9 日,《科学》杂志发表了以上海交通大学生命科学技术学院赵立平教授团队为中心的国际合作团队的最新成果 Gut bacteria selectively promoted by dietary fibers alleviate type 2 diabetes. 该研究通过一种以“功能群 (guild)”为基础的数据分析策略,对元基因组等高通量数据进行了信息挖掘,发现多样化的膳食纤维饮食改善 2 型糖尿病的临床症状与其可以提高人体肠道内特定的有益“功能菌群”密切相关。这一发现提示以肠道关键菌为靶点的个性化营养干预可能是控制2型糖尿病的一种新的有效手段。


在这篇具有重大学术意义的论文中,赵教授团队唯一提出感谢的对象:上海交通大学的 π 超算。

π 超算由上海交通大学高性能计算中心建设和运维,旨在对校内大规模科学与工程计算需求提供技术支撑,于 2013 年正式成立上线的 HPC 高性能计算机。π 超算是一台由 CPU 节点+胖节点+加速卡节点(GPU+MIC)组成的异构高性能计算系统,π 1.0 峰值性能为 262 TFLOPS。2013 年 6 月全球 Top500 排名第 158 名、国内教育部高校第一、上海市地区第一。自上线以来,π 超算坚持面向重点和广泛受益原则,优先保证对大规模计算的需求,特别是冲击国际前沿水平、涉及重大基础理论研究或涉及国民经济重大应用的国家级课题予以鼎力支撑,支撑我校科研团队计算需求。赵立平教授团队的研究不仅长期获得 π 超算平台及其背后团队的技术支撑,而且鉴于其优秀的阶段性成果展示,曾多次获得超算用户委员会的机时奖励。该项研究在 Science 上的成功发文,是对上海交大高性能计算服务价值的肯定。

以下是赵立平教授对 π 超算的用户证言,“高性能计算中心的大力支持下,我们顺利地完成了以元基因组高通量数据为核心的临床大样本数据分析,解析了高膳食纤维干预下肠道菌群参与改善肥胖、2 型糖尿病等慢性代谢性疾病的可能途径,为相关研究内容在 Science 等相关杂志上的发表提供了基础。”