MD on π 活动顺利进行

724全天,交大高性能计算中心联合NVIDIA公司、材料学院材料学院A500报告厅举办了HPC Seminar系列之“MD on π”活动。该活动为高性能计算中心深入学院进行HPC培训的第一站,旨在支持材料学院更好使用π上的GPU资源,提高机时使用效率。活动以Molecular Dynamics(简称MD)应用在π集群的GPU资源使用为主题。超过80名校内外师生参与(大部分来自材料学院),由于培训内容与学科高度结合,在一整天的培训中,气氛非常活跃,参与师生表现出对GPU计算的极大兴趣,休息及Q&A环节讨论亦非常激烈。上午的活动以GPU/CUDA基本编程知识为主,下午的活动以高性能计算中心集群上支持GPU的MD应用介绍为主。

 

上午的活动中,来自NVIDIA的工程师罗华平简单介绍了GPU的应用现状和基础,介绍了NVIDIA公司在提升GPU性能功耗比和简化编程上做出的巨大努力。报告指出,GPU相对于CPU,具有十分强悍的性能而相对较低的功耗,目前世界上能耗较低的超级计算机(按Green500排名)基本上使用GPU为主要计算资源。而目前GPU的编程也在不断进步中,不仅CUDA的编程更加简单,逐渐成熟的OpenACC也使得GPU编程更加容易上手,编程者可以在短短数小时内获得较高的性能提升,而NVLink技术的发布则能够非常有效缓解目前GPU计算中PCIE带宽不足的瓶颈。

 

 

下午的活动,罗华平工程师围绕高性能计算中心的GPU集群π,以Amber、Gromacs、VASP等MD应用为例,着重介绍了这些应用对GPU的支持情况,包括GPU版本的性能及可扩展性介绍,不仅如此,还在π集群上现场演示了这几个应用程序的安装和运行过程。

 

随后,来自生命学院/自然科学研究院的王昱焜博士分享了他在π集群上用GPU版本Gromacs进行计算的经验,包括程序的算法、在π上的性能和可扩展性,一个GPU节点的计算能力与两到三个CPU节点能力相当。王博士从π一上线即参与到集群的测试工作,在π上进行了大量工作,并获得重要进展,目前已将计算结果整理并投到世界著名期刊。

 

 

 

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